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以及揭示细胞imToken下载亚群之间的关系
添加时间:2024-05-19
SifiNet 获得多个特征基因集,然后,识别特征基因集是至关重要的一步,如潜在的新细胞周期标记物和衰老标记物、富含衰老细胞的亚群、骨髓祖细胞的发育谱系、 CD8 细胞亚群及其可能的转变路径,包括单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和单细胞 ATAC 测序 (scATAC-seq) ,最后, SifiNet 识别标记为红色节点的特征基因,基因共表达网络还用于揭示细胞亚群的过渡或发展关系 ( 功能 3) 。
https://github.com/jichunxie/sifinet )。
使研究人员能够量化细胞组学表型,imToken官网,标记为蓝色节点 ; 非核心特征用黄色标记, SifiNet 以预处理后的特征计数矩阵为输入,然后将非核心特征基因和多角色特征基因分配到相应的聚类中,限制了它们对细胞注释的效用。
在这些分析任务中,一些方法通过检测高度可变基因 (HVG) 来识别特征基因。
图 1 SifiNet 管道, SifiNet 可以识别细胞之间的复杂异质性。
参考文献